結(jié)核菌從肺或骨關(guān)節(jié)及腸道等原發(fā)病灶處經(jīng)血行侵入雙腎，在皮質(zhì)層腎小球血管叢中，形成多發(fā)粟粒狀結(jié)節(jié)。在機(jī)體抵抗力強(qiáng)時(shí)，大都能自愈，臨床上常不出現(xiàn)癥狀，稱為病理型腎結(jié)核。

如果抵抗力降低，結(jié)核菌便侵入腎小球毛細(xì)血管壁，然后在髓質(zhì)層的腎小管袢停留，形成結(jié)核病灶。繼而病變經(jīng)腎小管、淋巴管或直接蔓延到腎乳頭，穿破腎乳頭到達(dá)腎盞、腎盂，發(fā)生結(jié)核性腎盂腎炎，引起癥狀，稱為臨床型腎結(jié)核。從病理型腎結(jié)核發(fā)展至臨床型腎結(jié)核一般需經(jīng)相當(dāng)長(zhǎng)的時(shí)間。

結(jié)核結(jié)節(jié)主要是纖維組織增生，漿細(xì)胞、淋巴細(xì)胞和上皮樣細(xì)胞圍繞菌落。病灶浸潤(rùn)后范圍逐漸擴(kuò)大，彼此融合，中心壞死，形成干酷樣膿腫。有時(shí)膿腫要向腎周圍破潰形成竇道。腎內(nèi)可充滿干酪樣、鈣化物質(zhì)，形成鈣化腎。也可因結(jié)核性纖維化，使腎潿漏斗或腎盂輸尿管交界處狹窄，形成結(jié)核性膿腎。